Siempre me pasa lo mismo.  Paso varios meses sin usar el comando cp debido a la comodidad del manejo gráficos de archivos y cuando tengo que copiar un directorio por línea de comandos o con un script, entonces viene la hecatombe.

Supongamos que queremos copiar todos los archivos de la carpetaA a la carpetaB incluídos los ocultos y los subdirectorios, así que lo lógico

cp -a carpetaA/* carpetaB

Todo muy bonito, excepto que los archivos ocultos no van a ser copiados porque el comodín no funciona como se espera.  El comando que realiza la tarea es:

cp -a carpetaA/\. carpetaB

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